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MeDIP

甲基化DNA免疫共沉淀(Methylated DNA Immunoprecipitation,MeDIP),是检测分析基因组甲基化的实验技术。其原理是利用5'-甲基胞嘧啶抗体(anti-m5C),特异识别并结合发生甲基化的DNA片段,形成抗体-DNA片段复合物。通过与免疫共沉淀相似的方法,使用琼脂糖微珠或磁珠捕获并富集抗体-DNA片段复合物。其后通过qPCR或高通量测序,对特定目标区域或者全基因组的甲基化进行分析。


技术流程概述:

1、细胞核或者线粒体提取与基因组片段化

提取培养细胞或者组织的细胞核或线粒体后裂解并收集基因组DNA和蛋白质,随后利用超声破碎仪将基因组DNA打断成200-500bp左右的片段;

2、免疫沉淀

使用5'-甲基胞嘧啶抗体(anti-m5C),再以偶联Protein A、Protein G 或Protein A/G的琼脂糖微珠或磁珠捕获抗体-DNA复合物,通过离心或磁力架收集使抗体-DNA复合物与其他非目标组分分离;

3纯化与回收

通过不同buffer的洗涤、洗脱,纯化收集甲基化DNA片段;

4、富集DNA的检测分析

通过qPCR、杂交芯片、高通量测序等方法分析所富集的DNA片段信息,最终确定富集DNA的序列信息。


结果展示:

meDIP sample.jpg


客户提供的材料与信息:

1、目标DNA位点信息;

2、细胞样本,细胞量不低于3×10^7个细胞;

3、组织样本不低于1g;

4、或实验方案设计。


文章分类: DNA修饰表观-DNA
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