RAP

反义RNA纯化技术（RNA Antisense Purification，RAP）是研究RNA与RNA、RNA与蛋白质相互作用的技术方法。实验原理为利用与目标RNA互补的生物素标记的反义寡核苷酸探针（1条或多条）结合目标RNA-RNA或目标RNA-蛋白质复合物，再通过偶联链霉亲和素的琼脂糖微珠或磁珠捕获探针获取目标RNA-RNA或目标RNA-蛋白质复合物，纯化与洗脱后通过qPCR、高通量测序检测与目标RNA相互作用的RNA，或者利用 WB或质谱检测与目标RNA相互作用的蛋白质。该技术常用于筛查和明确目的RNA（尤其是非编码RNA）下游靶RNA或者蛋白，有助于探讨目的RNA参与的生理过程和分子通路；此外，也可用于筛查和明确调控RNA的蛋白质，如RNA甲基化修饰酶、RNA剪切酶等。

技术流程概述：

1、探针设计合成

以目标RNA为模板，设计一条或多条反义生物素标记的寡核苷酸探针，探针与目标RNA互补结合。

2、交联

使用可逆性交联剂，稳定和加强样品中RNA与RNA或者RNA与蛋白质（复合物）的相互作用，较常用的交联剂为终浓度1%甲醛。

3、裂解细胞和去除DNA

组织先裂解重悬为单细胞悬液；，裂解培养细胞或者组织细胞悬液，并用DNA酶消化内源性DNA，降低干扰。

4、探针准备与杂交

探针稀释至合适浓度，若使用多条探针，配制探针混合液；探针经预变性处理后，与去除DNA的裂解物进行杂交孵育。

5、捕获与纯化

使用偶联链霉亲和素的琼脂糖微珠或磁珠捕获生物素探针获取目标RNA-RNA或者目标RNA与蛋白质复合物，通过离心或磁力架分离纯化目标RNA-RNA或者目标RNA与蛋白质复合物。

6、洗脱与收集

洗脱琼脂糖微珠或磁珠，并收集与目的RNA结合的RNA或者蛋白质。

7、检测分析

通过qPCR、高通量测序分析与目的RNA结合的RNA，或者利用WB、质谱分析与目的RNA结合的蛋白质。

结果展示：

客户提供的材料与信息：

1、目标RNA信息；

2、细胞样本不低于2×10^7个细胞；

3、组织样本不低于1g；

4、针对RAP-qPCR，建议提供可能结合的RNA信息；针对RAP-WB，建议提供可能结合的蛋白质信息。