ChIRP

RNA纯化染色质分离技术(Chromatin Isolation by RNA Purification，ChIRP)，是一种常用于研究细胞核内或者线粒体内RNA与DNA、RNA与蛋白质相互作用的检测方法。实验主要原理是利用生物素标记的RNA探针（与目标RNA反向互补）特异结合目标RNA-DNA或者目标RNA-蛋白质复合物，再通过琼脂糖微珠或磁珠捕获RNA探针获取目标RNA-RNA、目标RNA-DNA或者目标RNA-蛋白质复合物，经分离纯化后收集DNA或者蛋白质进行检测分析。该技术多应用于lncRNA/circRNA参与的基因组调控研究，有助于揭示lncRNA/circRNA在细胞核内与其他反式作用因子、组蛋白修饰酶等蛋白质协同调控靶基因转录的分子机制。

技术流程概述：

1、探针设计

以目标RNA分子为模板，设计合成多条生物素标记RNA探针。

2、交联

使用可逆性交联剂，稳定和加强样品中RNA与DNA或者RNA与蛋白质（复合物）的相互作用，较常用的交联剂为终浓度1%甲醛。

3、细胞核或线粒体提取与基因组片段化

提取培养细胞或者组织的细胞核或线粒体后裂解并收集细胞核内RNA、DNA和蛋白质，随后利用超声破碎仪将基因组DNA打断成100-500bp左右的片段；相对ChIP实验，ChIRP的提取及后续步骤，需要防止RNA降解。

4、杂交

提取产物与探针共孵育，使探针与目标RNA分子杂交。

5、捕获与纯化

使用偶联链霉亲和素的琼脂糖微珠或磁珠捕获RNA探针获取目标RNA-RNA、目标RNA-DNA或者目标RNA-蛋白质复合物，通过离心或磁力架使目标RNA-RNA、目标RNA-DNA或者目标RNA-蛋白质复合物与其他非目标组分分离，并经洗涤纯化。

6、不同目标组分的分离提取

根据实验目的，分离富集产物中的RNA、DNA或蛋白质。

7、不同目标组分的检测分析

（1）分离得到的RNA可用于qPCR或高通量测序检测分析；

（2）分离得到的DNA可用于qPCR或高通量测序检测分析；

（3）分离得到的蛋白质可用于WB或质谱检测分析。

结果展示：

客户提供的材料与信息：

1、目标RNA信息；

2、细胞样本不低于2×10^7个细胞；

3、组织样本不低于1g。