ChIP染色质免疫沉淀技术(Chromatin immunoprecipitation, ChIP),是研究特定目的蛋白质与DNA相互作用的实验技术。实验主要原理是通过固定细胞内蛋白质-DNA复合物,再随机将基因组DNA打断为小片段,利用抗原-抗体特意结合的特性,使用特定抗体结合富集目的蛋白及与其结合的DNA片段。通过对相应DNA片段进行高通量测序(ChIP-seq)或者qPCR(ChIP-qPCR)检测,获得与目的蛋白质互作的DNA信息。该技术广泛用于反式作用因子(如转录因子)对基因组的调控,以及组蛋白修饰酶对基因转录的调控等。
技术流程概述: 1、交联 使用可逆性交联剂,稳定和加强样品中蛋白质(复合物)与DNA的相互作用,较常用的交联剂为终浓度1%甲醛。 2、细胞核或者线粒体提取与基因组片段化 提取培养细胞或者组织的细胞核或线粒体后裂解并收集基因组DNA和蛋白质,随后利用超声破碎仪将基因组DNA打断成200-500bp左右的片段。 3、免疫沉淀 使用特异性抗体结合目的蛋白质,再以偶联Protein A、Protein G 或Protein A/G的琼脂糖微珠或磁珠捕获抗体-目的蛋白质-DNA复合物,通过离心或磁力架收集使目的蛋白质-DNA复合物与其他非目标组分分离。 4、纯化与回收 通过不同buffer的洗涤、洗脱,纯化收集目标蛋白质-DNA复合物,其后通过解交联和沉淀回收DNA片段 5、富集DNA的检测分析 通过qPCR、杂交芯片、高通量测序等方法分析所富集的DNA片段信息,最终确定富集DNA的序列信息。
结果展示:
客户提供的材料与信息: 1、目标蛋白质信息,或相应ChIP级别抗体; 2、细胞样本不低于2×10^7个细胞; 3、组织样本不低于1g。 4、针对ChIP-qPCR,建议提供可能结合的DNA信息。 |