广州落美生物科技有限公司
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双硫死亡（Disulfidptosis）
双硫死亡（Disulfidptosis）
双硫死亡（Disulfidptosis）双硫死亡是一种在葡萄糖匮乏时由二硫化物应激引发的新型程序性细胞死亡，其特征是由于二硫化物积聚导致的细胞骨架蛋白和F-肌动蛋白坍塌。SLC7A11介导的胱氨酸摄入抑制铁死亡，但在葡萄糖匮乏时诱导双硫死亡（图1）。Disulfidptosis, a new form of programmed cell death triggered by disulfi...
铜死亡（Cuproptosis）
铜死亡（Cuproptosis）
铜死亡（Cuproptosis）铜死亡是一种新型程序性细胞死亡，由铜与三羧酸循环中的硫酰化组分直接结合诱导发生，导致硫酰化蛋白的聚集和铁硫簇蛋白的损失，从而诱导蛋白毒性应激并最终导致细胞死亡（图1）。Cuproptosis is a novel form of programmed cell death that occurs by the direct binding of copper ...
铁死亡（Ferroptosis）
铁死亡（Ferroptosis）
铁死亡（Ferroptosis）铁死亡是一种由过度脂质过氧化诱导的以及铁离子依赖的程序性细胞死亡（图1）。Ferroptosis is a form of iron-dependent programmed cell death caused by the excessive amount of lipid peroxidation (Fig.1).图1 铁死亡发生机制示意图1Fig.1 S...
泛凋亡（PANoptosis）
泛凋亡（PANoptosis）
泛凋亡（PANoptosis）泛凋亡是新近发现的一种炎症性程序性细胞死亡，受到泛凋亡小体（PANoptosome）的调控，具有凋亡、程序性坏死以及焦亡的关键特征，但不能被凋亡、程序性坏死以及焦亡中任意一种死亡方式单独表征（图1）。PANoptosis is a newly discovered inflammatory programmed cell death that is regula...
焦亡（Pyroptosis）
焦亡（Pyroptosis）
焦亡（Pyroptosis）焦亡是一种促炎性程序性细胞死亡，其由炎性小体激活的caspase通过切割gasdermin（GSDM，包括GSDMD和GSDME）诱导（图1）。Pyroptosis is a form of proinfammatory programmed cell death triggered by the cleavage of gasdermin (GSDM）inclu...
自噬 （Autophagy）
自噬 （Autophagy）
自噬 （Autophagy）自噬是涉及细胞内成分被运输到溶酶体进行降解和循环的复合分子通路，对于维持细胞和生物体内稳态发挥着十分关键的作用。然而，自噬失调也会导致非凋亡的程序性细胞死亡（图1）。Autophagy refers to composite molecular pathways in which intracellular components are conveyed to t...
程序性坏死（Necroptosis）
程序性坏死（Necroptosis）
程序性坏死（Necroptosis）程序性坏死是一种非凋亡的炎症性程序性细胞死亡，即受调控的坏死形式。程序性坏死过程由混合谱系激酶域样（Mixed-lineage kinase-like，MLKL）蛋白磷酸化介导，并由细胞表面死亡受体以及RNA和DNA传感分子的激活启动（图1）。Necroptosis is a nonapoptotic form of programmed inflamma...
凋亡（Apoptosis）
凋亡（Apoptosis）
凋亡（Apoptosis）凋亡是最常见的程序性细胞死亡，可程序性有效清除受损细胞，比如DNA损伤或发育过程产生的细胞。凋亡可由含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶（Cysteinyl aspartate specific proteinase, caspase）介导的外源性（配体/死亡受体）或内源性（线粒体）通路触发（图1）。Apoptosis is the most common form of...
reverse-ChIP
reverse-ChIP
DNA-protein
表观-DNA
表观-蛋白质
MeDIP
MeDIP
DNA修饰
表观-DNA
DNA pulldown
DNA pulldown
DNA-protein
表观-DNA
表观-蛋白质
ChIRP
ChIRP
RNA-DNA
RNA-protein
表观-DNA
表观-RNA
表观-蛋白质
ChIP
ChIP
DNA-protein
表观-DNA
表观-蛋白质
acRIP技术服务
acRIP技术服务
RNA修饰研究
表观-RNA
MeRIP技术服务
MeRIP技术服务
RNA修饰研究
表观-RNA
miRNA pull-down
miRNA pull-down
RNA-RNA
RNA-protein
RNA稳定性检测（放线菌素D处理法）
RNA pulldown
RNA pulldown
RNA-protein
表观-RNA
表观-蛋白质
RAP
RAP
RNA-RNA
RNA-protein
表观-RNA
表观-蛋白质
RIP
RIP
RNA-protein
RNA-RNA
表观-蛋白质
ChIRP
ChIRP
RNA-DNA
RNA-protein
表观-DNA
表观-RNA
表观-蛋白质
乳酸化/乳酰化修饰（Lactylation）
乳酸化/乳酰化修饰（Lactylation）
蛋白质修饰
拟素化修饰（Neddylation）
拟素化修饰（Neddylation）
蛋白质修饰
类泛素化修饰（UFMylation）
类泛素化修饰（UFMylation）
蛋白质修饰
SUMO化修饰（SUMOylation）
SUMO化修饰（SUMOylation）
蛋白质修饰
泛素化修饰（Ubiquitination）
泛素化修饰（Ubiquitination）
蛋白质修饰
乙酰化修饰（Acetylation）
乙酰化修饰（Acetylation）
蛋白质修饰
甲基化修饰（Methylation）
甲基化修饰（Methylation）
蛋白质修饰
磷酸化修饰（Phosphorylation）
磷酸化修饰（Phosphorylation）
蛋白质修饰
reverse-ChIP
reverse-ChIP
DNA-protein
表观-DNA
表观-蛋白质
免疫共沉淀（Co-IP）
免疫共沉淀（Co-IP）
蛋白质互作
表观-蛋白质
miRNA pull-down
miRNA pull-down
RNA-RNA
RNA-protein
RNA pulldown
RNA pulldown
RNA-protein
表观-RNA
表观-蛋白质
RAP
RAP
RNA-RNA
RNA-protein
表观-RNA
表观-蛋白质
RIP
RIP
RNA-protein
RNA-RNA
表观-蛋白质
DNA pulldown
DNA pulldown
DNA-protein
表观-DNA
表观-蛋白质
ChIRP
ChIRP
RNA-DNA
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表观-DNA
表观-RNA
表观-蛋白质
ChIP
ChIP
DNA-protein
表观-DNA
表观-蛋白质


常规实验（Conventional experiments）



实验项目
（Experiment items）
检测方法
（Methods）
样品
（Samples）
基因表达
(Gene expression)
实时荧光定量PCR（Real-time Quantitative PCR，qPCR）/免疫印迹（Western blot，WB）/酶联免疫吸附试验（Enzyme linked immunosorbent assay，ELISA）
组织/细胞/体液/培养基(Tissues/Cells/ Body fluid/Culture medium)
获取全长cDNA
(Obtain full-length cDNA)
cDNA末端快速扩增技术（Rapid amplification of cDNA ends，RACE）
组织/细胞 (Tissues/Cells/)
亚细胞定位
(Subcellular localization)
核酸（Nucleic acid）：DNA/RNA荧光原位杂交（DNA/RNA FISH）
组织/细胞 (Tissues/Cells/)

蛋白质（Protein）：免疫组化（Immunohistochemistry， IHC）/免疫荧光（Immunofluorescence，IF）
组织/细胞 (Tissues/Cells/)
细胞增殖/活性
(Cell proliferation/viability)
CCK-8/克隆形成
（Clone formation）
细胞 (Cells/)
细胞程序性死亡
(Cell programmed death)
Annexin V染色&流式细胞仪检测（Annexin V staining & Flow cytometric analysis）/脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的缺口末端标记法（TdT-mediated dUTP Nick-End Labeling，TUNEL）
组织/细胞 (Tissues/Cells/)
细胞周期
(Cell cycle)
PI染色&流式细胞仪检测（PI staining & Flow cytometric analysis）
细胞 (Cells)
细胞迁移
(Cell migration)
划痕实验（Scratch assay）/Transwell
细胞 (Cells)
细胞侵袭 (Cell invasion)
Transwell
细胞 (Cells)
基因调控作用
(Gene regulatory effect)
荧光素酶报告基因系统（Luciferase reporter gene assay）
细胞 (Cells)
载体构建
(Construction of plasmid)
克隆&连接（Clone & Ligation）





转运RNA（transfer RNA，tRNA）衍生的tsRNA（tRNA-derived small RNA）是一类新型的小非编码RNA（small non-coding RNA, sncRNA）。TsRNA包括tiRNA（tRNA-derived stress inducible RNA）和tRF（tRNA-derived fragment），主要定位于细胞质中。其中，tiRNA是来源于成熟tRNA剪切形成的半分子，包括5’-和3’-tRNA半分子，长度约30-35nt（如图1）。而tRF是来源于成熟tRNA或前体tRNA的小片段，并根据其在tRNA上对应的位置可进一步分为tRF-5，tRF-3， tRF-1和i-tRF等，长度约为15-30nt（如图1）。

现有研究发现tsRNA有以下几种作用机制：

（1）以类似microRNA的方式参与RNA干扰，包括与AGO蛋白形成复合体结合靶基因mRNA 3’ UTR来抑制后者靶基因表达，以及与tRNA核酸内切酶结合后引导tRNA核酸内切酶切割靶基因mRNA来降低靶基因表达；

（2）结合YBX1等RNA结合蛋白调控靶基因mRNA的稳定性；

（3）调控靶基因mRNA翻译。

通过上述作用机制，tsRNA参与免疫紊乱、代谢紊乱、神经性病变和癌症等多种疾病的发生和发展。

图1 tsRNA生成和分类（引用自“Deciphering the tRNA-derived small RNAs: origin, development, and future”）


目前，本司针对tsRNA可提供以下服务：

（1）检索tsRNA在癌症中的表达情况以及预后价值（prognosis value）

利用公开的现有数据检索tsRNA在多种癌症中的表达情况以及预后价值。


（2）分析tsRNA潜在靶基因和功能

利用生物信息学分析tsRNA潜在靶基因以及tsRNA参与的生理过程和分子通路。


（3）合成tsRNA mimic和inhibitor

根据tsRNA序列设计并合成tsRNA mimic和inhibitor。


（4）检测tsRNA的组织和细胞表达和定位

分别利用实时荧光定量PCR （Quantitative Real-time PCR，qPCR）荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization，FISH）检测tsRNA在组织和细胞中的表达和定位。


（5）检测tsRNA与靶基因mRNA结合

利用miRNA pulldown、反义RNA纯化技术（RNA Antisense Purification，RAP）等技术检测tsRNA与靶基因mRNA的结合，详情请查看我司“技术服务”-“RNA与RNA的相互作用”。


（6）检测tsRNA与RNA结合蛋白结合

利用miRNA pulldown、RNA免疫沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）等技术检测tsRNA与靶基因mRNA的结合，详情请查看我司“技术服务”-“RNA与蛋白质的相互作用”。


（7）检测tsRNA对靶基因表达的调控作用

利用双荧光素酶报告基因系统检测tsRNA对靶基因表达的调控作用。


（8）检测tsRNA对靶基因mRNA稳定性的影响

利用放线菌D处理法检测tsRNA对靶基因mRNA稳定性的影响，详情请查看我司“技术服务”-“RNA稳定性研究”。


（9）检测tsRNA修饰

利用RNA甲基化免疫共沉淀（Methylated RNA immunoprecipitation，MeRIP）检测tsRNA甲基化以及利用RNA乙酰化免疫共沉淀（Acetylated RNA immunoprecipitation，acRIP）检测tsRNA乙酰化，详情请查看我司“技术服务”-“RNA修饰研究”。